Los derechos y obligaciones del obligado tributario en el curso del procedimiento de comprobación limitada son los previstos en la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, normas reglamentarias dictadas en su desarrollo y demás disposiciones aplicables, entre los que se encuentran los siguientes:

Derechos

1. A ser informado al inicio de las actuaciones de comprobación limitada sobre la naturaleza y alcance de las mismas, así como de sus derechos y obligaciones en el curso de tales actuaciones.
2. A conocer la identidad de las autoridades y personal al servicio de la Administración tributaria bajo cuya responsabilidad se tramita el procedimiento.
3. A ser tratado con el debido respeto y consideración por el personal al servicio de la Administración tributaria.
4. A actuar por sí o por medio de representante, con el que se entenderán las sucesivas actuaciones, salvo que se haga manifestación expresa en contrario ante la Inspección.
5. A que las actuaciones que requieran su intervención se lleven a cabo de la forma que resulte menos gravosa, siempre que ello no perjudique el cumplimiento de sus obligaciones tributarias.
6. A rehusar la presentación de los documentos que no resulten exigibles por la normativa tributaria y de aquellos que hayan sido previamente presentados por ellos mismos y que se encuentren en poder de la Administración tributaria actuante, siempre que indique el día y procedimiento en que los presentó.
7. A que sus manifestaciones con relevancia tributaria se recojan en diligencia y a recibir un ejemplar de las mismas.
8. A conocer el estado de tramitación del procedimiento.
9. A formular alegaciones y a aportar documentos en cualquier momento anterior al trámite de alegaciones que serán tenidos en cuenta al redactar la correspondiente propuesta de resolución. En cualquier caso, en el procedimiento de comprobación limitada, con carácter previo a la práctica de la liquidación provisional, la Administración tributaria deberá comunicar al obligado tributario la propuesta de liquidación para que alegue lo que convenga a su derecho.
10. A ser oído en el trámite de alegaciones y a obtener copia a su costa de los documentos que integren el expediente durante el desarrollo de dicho trámite.
11. A que el procedimiento concluya en el plazo máximo de 6 meses a contar desde la fecha de notificación del acuerdo de inicio. No se incluirán en el cómputo de este plazo las dilaciones en el procedimiento por causa no imputable a la Administración y los periodos de interrupción justificada especificados reglamentariamente.
12. Al carácter reservado, en los términos legalmente previstos, de los datos, informes, o antecedentes obtenidos por la Administración tributaria.

Obligaciones

1. Atender a la Inspección y prestar la debida colaboración en el desarrollo de sus funciones.
2. Personarse, por sí o por medio de representante, en el lugar, día y hora señalados para la práctica de las actuaciones. Las actuaciones de comprobación limitada se realizarán en las oficinas públicas, salvo las que procedan según la normativa aduanera, así como en los supuestos previstos reglamentariamente relativos a comprobaciones censales o métodos objetivos de tributación, en cuyo caso los funcionarios que desarrollen dichas actuaciones tendrán las facultades reconocidas en los apartados 2 y 4 del artículo 142 de la LGT. 
3. Aportar la documentación y demás elementos solicitados. En particular facilitará: el examen de datos consignados en sus declaraciones y de justificantes presentados o que se requieran al efecto; el examen de registros y demás documentos exigidos por la normativa tributaria y de cualquier otro libro, registro o documento de carácter oficial, con excepción de la contabilidad mercantil, así como de las facturas o documentos que sirvan de justificante de las operaciones incluidas en dichos libros, registros o documentos; la justificación documental de operaciones financieras que tengan incidencia en la base o en la cuota de una obligación tributaria, sin que el órgano que desarrolla la comprobación pueda requerir a terceros información sobre movimientos financieros.
4. Ratificar aquellos datos específicos propios o de terceros, contenidos en los documentos previamente aportados.
5. Por último destacar que los efectos de la regularización derivada de este procedimiento supone que:
   1. No puedan ser impugnados los hechos y elementos determinantes de la deuda tributaria respecto de los que el obligado tributario o su representante hayan prestado conformidad expresa, salvo prueba de haber incurrido en error de hecho.
   2. Que la Administración no podrá efectuar una nueva regularización en relación con el objeto comprobado salvo que en un procedimiento de comprobación limitada o de inspección posterior, se descubran nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas de las realizadas y especificadas en la resolución.